La caída del imperio mongol causó una seria crisis en la sociedad mongola. Este período se conoce como «la era de los submonarcas» en historiografía. De hecho, los dirigentes de Mongolia después de 1368 reinaban poco tiempo y estaban en crisis permanente con la nobleza. El khan perdió una gran parte de sus poderes. Los señores locales comenzaron a tomar autonomía en sus asuntos. La antigua nación mongola se desintegró.

Los Oirads hicieron secesión y formaron su propia monarquía. Mongolia se separó en una parte este y una parte oeste. La parte este se separó a sí misma en territorio interior y territorio exterior. Los oirads eran bastante activos e incursionaban ocasionalmente en Asia Central.

La lengua mongola también se fragmentó en varios dialectos distintos, que posteriormente se convirtieron en lenguas. Sin embargo, el período de los siglos XV-XVII estuvo marcado por discípulos notables y poetas. Por ejemplo, el príncipe Tsogt no era solo un combatiente sino también un poeta y filósofo.

El budismo llegó a Mongolia en el siglo XVI. En 1572, el khan Altan se convirtió al budismo, rechazando así las antiguas creencias chamánicas. El budismo enseñó a los mongoles literatura, filosofía, teología y ciencias naturales.

La supremacía del khan era limitada en la Mongolia posimperial. 22 khanes dirigieron Mongolia entre 1370 y 1634. El príncipe Oirad se apoderó del trono en 1450 rompiendo así la tradición de los descendientes de Gengis. Cinco años después, la dinastía fue restaurada.

En 1470, el khan Batmönh unificó Mongolia durante 40 años. Pero su muerte provocó una separación mayor.

El período de los siglos XV-XVII marcó el nacimiento de numerosos documentos legales por los señores mongoles. Durante el imperio, la gran ley Yasa dirigió únicamente la sociedad. Así que cuando cada príncipe quería volverse independiente producían numerosas leyes y otros documentos coercitivos. Por ejemplo, el código legal del khan Altan estuvo en vigor en la región Tumed. «La Ley Mongol-Oirad» y «El Código Religioso» forman parte de los más importantes.

En 1575, los manchúes llegaron e invadieron la dinastía Ming china. Su líder Nurhach declaró su reino Ching en 1616. El ejército manchú invadió Mongolia e hizo presión sobre los señores mongoles.

En 1636, el consejo de príncipes de la Mongolia Interior admitió su derrota y reconoció la autoridad del emperador manchú. El último de la línea de Gengis, el khan Ligden resistió a los Manchúes hasta su muerte en 1634. Fue el fin de una gran dinastía. Esta situación se agravó porque algunos mongoles se unieron al ejército manchú para compartir sus victorias.

En 1691, los príncipes de Mongolia Exterior decidieron aceptar la dominación del imperio manchú, dando lugar a Zungaria como única provincia independiente de Mongolia.