Los manchúes conquistaron la Mongolia Interior y Exterior, incorporándolas a su imperio. El emperador manchú se convirtió entonces en el soberano de Mongolia. Sin embargo, la mayoría de la nobleza mongola conservó sus títulos. El gobierno Qing reorganizó la administración de la Mongolia Interior con su consentimiento.

Las 24 provincias de Mongolia Interior fueron divididas en 6 regiones. El imperio Qing designó un gobernador para la Mongolia Exterior que residió en la ciudad de Uliastai. También había otro gobierno en la ciudad de Ih Huree que gestionaba la Mongolia Interior. Cuando la Mongolia Occidental sucumbió finalmente ante los manchúes, estos últimos establecieron el gobierno de Khovd en 1725. El gobierno manchú formó cuatro provincias, la provincia del khan Sain en homenaje a su contribución en la guerra contra los oirads.

Cuando los mongoles se convirtieron al budismo en 1639, eligieron a un superior para encabezar la Iglesia Budista, con el título de Bogd. El Bogd era responsable de los asuntos religiosos y cuando llegaron los manchúes, lo mantuvieron como el líder budista oficial. Un ministerio especial controlaba los actos del Bogd y las ceremonias budistas. De esta forma, el imperio Qing creó una administración extremadamente elaborada, con sistemas fiscales y arreglos políticos para la Mongolia Interior y Exterior.

Los mongoles resistieron el imperialismo manchú mediante rebeliones y motines. En 1755, un gran número de mongoles lanzó un ataque que rodeó la Mongolia Occidental. Entre los rebeldes estaban el boshigt Galdan, Amarsanaa y Chingunjav. El ataque fue exitoso al principio, pero los manchúes tomaron ventaja posteriormente y castigaron severamente a los amotinados. Amarsanaa huyó de Mongolia y encontró refugio en Rusia, donde murió. Los otros fueron ejecutados.

Las leyes manchúes en Mongolia cubrían todos los aspectos de la vida mongola. El « Halh Juram », promulgado entre 1709 y 1795, fue el documento legal de esa época. También estaban los « escritos legales de la Mongolia Interior » que se promulgaron en 1817. Se trataba de 63 volúmenes con diversos casos legales.

Durante la época de dominación manchú, la literatura mongola experimentó un renacimiento. Los poetas y escritores produjeron notables escritos religiosos y seculares. El más famoso fue el monje Danzanrawjaa, quien vivió en el siglo XIX y fue un gran dramaturgo. Su obra más conocida fue « Saran höhöö ».

El gobierno manchú sofocó cualquier idea de autonomía en Mongolia. Por consiguiente, Mongolia pasó el siglo XIX como una región menor del imperio Qing.