Los primeros templos budistas en Mongolia fueron construidos durante el período de los Hunos, que comenzó en el siglo III antes de Cristo.

Del año 330 al año 550 después de Cristo, en el período Mongol-Nirun, el Budismo se había convertido en la religión oficial del estado, y más de diez reyes recibieron títulos budistas honorarios. Sin embargo, el Budismo no era practicado por la gente común, que continuaba siguiendo las prácticas ancestrales chamánicas.

El budismo volvió a ser la religión del estado mongol por segunda vez durante el período del Imperio Yuan, cuando Kublai Khan nombró a Lama Pagva como maestro espiritual de la Nación.

Tras el colapso del Imperio Yuan, sin embargo, el chamanismo volvió a convertirse en la religión más popular.

En el siglo XVI, el Budismo volvió a ser la religión oficial de Mongolia por tercera vez. En 1587, Altan Khan fue el primero en otorgar el título de Dalai Lama, que significa «océano de sabiduría», a Sodnomjamts, el líder de la «secta amarilla» del budismo tibetano.

Sin embargo, el budismo fue realmente practicado por la gente común solo a partir del siglo XIX. El apogeo del desarrollo del Budismo en Mongolia se alcanzó a finales del siglo XIX y principios del XX. Con el apoyo de los manchúes, se construyeron más de 700 monasterios en todo el país, acogiendo a más de 30.000 lamas.

Los manchúes tenían como política fomentar la difusión del budismo en Mongolia, en parte para aniquilar la cultura local, y en parte como un medio para minimizar la posible oposición política a su régimen, asegurando que una gran proporción de la población masculina estuviera comprometida en los monasterios. A principios del siglo XX, había 115.000 lamas en Mongolia, lo que correspondía al 20% de la población total y a más de un tercio de la población masculina del país. Los niños pequeños eran típicamente inscritos en los monasterios desde los cinco o seis años de edad, donde eran educados bajo la tutoría de viejos lamas.

En 1911, Mongolia se convirtió en un estado religioso independiente con el 8º Bogd Khan como líder. Tras la revolución popular de 1921, el Budismo comenzó a declinar, y en los años 1930 y 1940, casi la totalidad de los monasterios mongoles fueron destruidos por el gobierno en un esfuerzo por abolir la religión estatal.

La forma del budismo practicada en Mongolia fue extremadamente influenciada por las prácticas rituales y místicas del Tantrismo, reflejadas especialmente en la creencia en el poder sobrenatural de las palabras sagradas. Esta creencia adopta la forma de libros o banderas impresas y mantras recitados.

En la «secta amarilla» del budismo, el libro es el objeto más sagrado. Es la fuente de sabiduría que ayuda al Hombre a escapar de su sufrimiento. En caso de enfermedad o desgracia, así como en los períodos indicados por las tablas astrológicas, los mongoles consideran oportuno leer o hacer leer por lamas libros en particular. Típicamente, no es el libro completo el que se lee, sino el dharani, series de textos y sílabas mágicas que contienen la esencia del libro en cuestión. Cada familia considera que es de muy buen augurio estar en posesión de un sutra religioso, que es doblado en una tela y guardado celosamente en la parte trasera de la yurta. Solo un Lama está autorizado para tocar este sutra. Así, nunca se lee como tal, sino que se conserva como símbolo de su contenido, el cual se considera que tiene influencia tanto si se lee como si no.

Los mongoles también creen que colocar una bandera de oración (khiimoriin dartsag) en un poste en la parte trasera de su yurta les traerá apoyo en su vida cotidiana. Se supone que las palabras inscritas en su bandera son «activadas» por el aliento continuo del viento. De la misma manera, las oraciones pueden activarse llevando un libro a la cabeza, o girando la rueda de un molino de oración, un dispositivo cilíndrico que contiene cientos de oraciones.